剧情:负荷领域的既视感
R世界线，为一条不稳定的世界线，并未与SG线分离开，更像是卡在中间或者纠缠在一起，与SG线有0.000001%的差值，真由理和助手均存活，但冈部因为即视感超负荷，从SG线上被抹去。此世界线未来情况不明，从剧场版的片段里可以看到似乎只有冈部是孤身一人处在一个未知的空间
剧场版
这部电影发生在2011年8月，也就是动画系列事件发生一年之后。 由于发明了可以发送到过去的短信“ d-Mail” ，冈部Rintaro经历了跨越多条“世界线”的艰苦旅程，缓和地降落在“命运石之门”世界线上，在这条线上，他能够避免 Shiina 和 Makise Kurisu 的死亡，以及避免 SERN 由于发明了一个不再存在的时间机器而统治的未来。 8月3日，Kurisu 抵达日本参加新闻发布会，与 Future Gadget Laboratory 的所有成员重聚。 与此同时，开始在他的时间旅行中产生强烈的副作用，他看到了不同的世界线。 第二天，也就是8月4日，一个神秘的访客出现在了 Kurisu 的酒店，告诉她要记住三件事: 手机、微波炉和 SERN。 那天晚些时候，当Kurisu正在和Rintaro谈论她自己的似曾相识的经历可能与Rintaro的阅读施泰纳记忆其他世界线事物的能力类似时，Rintaro突然消失在了她的眼前。 此外，似乎没有其他人记得Rintaro曾经存在过，Kurisu几乎只记得一个人的模糊记忆。
一周后的8月11日，当 Kurisu 发现了 Rintaro 留下的叉子，并记起了陌生人留给她的话语时，她得知Daru Hashida 出于某种原因黑进了 SERN，突然有了建造时间跳跃机器的冲动。 使用这台机器，Kurisu跳回到8月3日的夜晚，在那里她观察到Rintaro从存在中消失又重新出现，每个人对他的记忆都随之改变。 然后她被之前的访客联系到了，被告知是 Suzuha Amane，他来自未来，使用的是 Kurisu 制造的时间机器。 她向Kurisu和Rintaro解释说，所有Rintaro经历过的世界线的记忆都超负荷了他的Reading Steiner，导致他在当前的世界线和“ r”世界线之间波动，而“ r”世界线是唯一另一条既没有真由里也没有Kurisu死亡的世界线。 铃羽说唯一能让他免于完全消失的方法就是使用时间机器回到过去，但是Rintaro公开地拒绝了，因为他觉得时间机器和时间穿越机器都不应该存在，也不想Kurisu经历他经历的同样的痛苦，他说他宁愿消失，让她和Mayuri和平相处。 他反而敦促Kurisu忘记他，给她一个吻。
第二天，Rintaro再次消失，Kurisu泪流满面，勉强决定接受他的愿望，试图忘记他。 后来，在8月13日，当Future Gadget Laboratory 得到消息说可能要关门时，铃羽再次找到Kurisu，告诉她她对自己的感受不够诚实，最终说服Kurisu和她一起乘坐时间机器。 为了让Rintaro留在命运石之门的世界线上，他必须被植入一种强大的记忆，这种记忆可以帮助他区别于其他世界线。 两人回到了2005年6月30日，Kurisu试图与年轻的Rintaro交谈，结果却导致他遭遇了一场车祸，让她不敢再尝试回到过去。 回到现在，Kurisu发现Mayuri和其他人也拥有Rintaro的模糊记忆，当她模仿他的角色形象后，这些记忆很快就被唤醒了。 在每个人的感情鼓舞下，Kurisu回到了过去，这一次她成功地在Rintaro的脑海中植入了 Kyouma Hououin 的概念，并给了他第一个吻，这让他扮演起了疯狂科学家的角色来保护 Mayuri。 影片结束时，Rintaro问Kurisu是否愿意回到他的初吻。 Kurisu 笑着说: “从来没有。”。
剧情后接《命运石之门》动画第25集（OVA）。
2011年8月，冈部伦太郎抵达命运石之门已过一年。这是真由理和红莉栖都不会死亡，未来未知的世界。平常在美国的红莉栖因故回来日本，正当众人为了欢迎她而聚在一起烤肉时，冈部开始看到幻觉：一开始是过往他于其他世界线上的记忆突然鲜明起来；后来更出现他不曾待过的世界线的“记忆”。隔天，红莉栖的饭店遭人闯入，留下了“电话、电话微波炉、SERN”的讯息。红莉栖稍后遇到冈部，两人谈起其他世界线、命运探知。红莉栖刚说既视感也许是一种命运探知，冈部便突然从她眼前消失。
之后一周，即使世界照常运转、没人觉得不对劲，红莉栖一直觉得似乎忘了什么。她依在饭店收到的提示造出了时间跳跃机，将自己的记忆送回烤肉当晚，发现忘掉的是冈部。此时铃羽现身，表明自己是为了拯救冈部而搭乘时间机器从未来而来，并说明冈部消失是因为承受了太多其他世界线的记忆，无法将命运石之门世界线认知为现实。然而冈部拒绝接受帮助，藉自身经验说明改变过去是非常危险的事。隔天，红莉栖再度目睹冈部消失。因为进行过一次时间跳跃，她勉强记起了冈部，但因他的话决定不改变过去。
铃羽预言红莉栖会矛盾一辈子，最后造出时间机器、推出拯救冈部的方法，却又不准任何人改变过去。红莉栖辩不过她，被说服搭上了时间机器。拯救冈部的方法是不改变既定事实，只改变冈部的记忆。红莉栖选定对冈部而言曾发生重大事件的2005年下手，过程中却不小心让年少的冈部出车祸。虽然冈部因为世界线收束而不会死在那，红莉栖仍不敢再轻易尝试回到过去。回到研究所，她发现其实众人还依稀对冈部有印象，再度下定决心回到过去。她跟少年冈部讲述“凤凰院凶真”等冈部的“疯狂科学家”设定，并取了他初吻，成功给他难以磨灭的记忆。回到2011年，冈部因该份记忆而能认知此世界线和其他世界线的不同，因此回归命运石之门世界线。
